凌之浩

凌之浩

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博士,毕业于德国马克思普朗克化学生态研究所,师从美国科学院院士 Ian. T. Baldwin教授,瑞典隆德大学硕士。熟悉二代测序 DNA 及 RNA 数据分析,在RNA和启动子分析方向有较深的造诣,擅长转录组可变剪切分析。在The Plant journal, elife等国际学术期刊发表SCI文章9篇。现为简基项目负责人。

该专家暂未发布文章。
暂未创建相册。
教育经历

2017.06毕业 德国马克思普朗克化学生态研究所 / 博士 专业:生物信息学

2012.06毕业 瑞典隆德大学 / 硕士 专业:生物信息学

发表文章

INTERNATIONAL JOURNAL OF FOOD MICROBIOLOGY

论文名称:The genome of wine yeast Dekkera bruxellensis provides a tool to explore its food-related properties

贡献描述:二作,负责该项目的生信分析并参与文章写作。

eLife

论文名称:https://elifesciences.org/content/5/e19531

贡献描述:共同作者,负责烟草转录组的表达分析

PLANT JOURNAL

论文名称:Insect herbivory elicits genome-wide alternative splicing responses in Nicotiana attenuata

贡献描述:一作,参与项目的全过程,包括项目的设计,样本的采集,数据的处理,qPCR的验证,图表的制作以及文章的写作。

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AME

论文名称:Wild tobacco genomes reveal the evolution of nicotine biosynthesis

贡献描述:负责转录组部分分析

BMC GENOMICS

论文名称:"Nicotiana attenuata Data Hub (NaDH): an integrative platform for exploring genomic, transcriptomic and metabolomic data in wild tobacco"

贡献描述:二作,负责文章部分生物信息分析及文章撰写。

FEMS YEAST RESEARCH

论文名称:Galactose utilization sheds new light on sugar metabolism in the sequenced strain Dekkera bruxellensis CBS 2499.

贡献描述:负责文章生信部分分析

PLoS One

论文名称:Novel Centromeric Loci of the Wine and Beer Yeast Dekkera bruxellensis CEN1 and CEN2

贡献描述:负责文章生信部分分析

Journal of Integrative Plant Biology

论文名称:NaMYB8 regulates distinct, optimally distributed herbivore defense traits

贡献描述:负责文章启动子生信部分分析

工作经历

2017.02——2018.02 成都生命基线科技有限公司

职位名称:简基负责人

工作简介:负责转录组相关项目,及简基产品开发

项目经验

2013.05——2015.05 昆虫诱导的全基因组可变剪切研究

项目类型:

项目经验简介:首先对转录组数据进行质控(QC),去除低质量数据。之后将clean data比对到基因组,鉴定差异可变剪切与差异表达基因。通过对含有差异可变剪切的基因进行GO富集分析,筛选出几个在抗虫方面可能具有重要功能的基因,用qPCR对鉴定出的差异可变剪切进行验证。之后利用transgenetic line,对昆虫诱导的一个差异可变剪切可能的调控机制进行详细推论,改剪切所处基因在茉莉酸(jasmonic acid)通路中,对虫害响应具有重要的作用。

2015.10——2016.11 可变剪切在植物中的进化及调控

项目类型:

项目经验简介:通过在NCBI下载的不同植物三个组织的转录组数据,利用比较基因组学,研究可变剪切在植物中的进化过程。在全基因组范围内,分别对可变剪切和基因表达做聚类分析,研究这两大转录调控在植物中的进化差异。另外对可能影响可变剪切的factors在不同植物中同源junction周围的差异进行分析,并通过机器学习研究这些因素对可变剪切在植物进化中的贡献度。另外,利用类似于识别启动子转录因子结合位点的方法,鉴定了一些motifs, 可能作为plicing enhancer/silencer的结合位点。文章已投Plant physiology (in revision,一作)。参与项目的全过程,包括项目的设计,样本的采集,数据的处理,qPCR的验证,图表的制作以及文章的写作。

2015.10——2016.08 应对虫害早期信号通路

项目类型:

项目经验简介:野生烟草几个近缘种间,对同一昆虫的响应有明显的差异,而这些差异主要是由近缘种间不同时期的全基因组复制(尤其是早期响应信号通路的基因复制)所引起的。通过构建共表达网络,确定一组处于同一表达模块的基因,可能对造成这些近缘种对昆虫差异响应起重要作用。

2011.12——2012.05 酵母基因组

项目类型:

项目经验简介:通过对 Dekkera/Brettanomyces bruxellensis 这种酿酒酵母的基因组分析,构建系统发育树,阐述该酵母的进化过程。另外通过对酒精合成具有重要功能ADH基因家族的基因复制情况分析,阐述该酿酒酵母在酒精代谢通路上的特殊特征。

2013.01——2016.12 野生烟草基因组研究

项目类型:

项目经验简介:我们组装了两个野生烟草近源种的基因组 (Nicotiana attenuata (2.5 Gb) and Nicotiana obtusifolia (1.5 Gb)),并研究了这两个物种对自然环境的适应特性。我们发现,在经过茄科特异性全基因组复制后,大量的转座子序列快速的出现在这些烟草的基因组中,促使了重复基因里不同拷贝表达量的巨大差异。这些差异最终导致了这些物种,在抗虫通路信号上的快速进化,其中包括了尼古丁的合成。

凌之浩
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